Un anwer rápido:
- Extrae el ADN
- Amplifique regiones específicas de ADN, 16S para bacterias, ITS1 o 2 para levadura
- Aplicar adaptadores de secuencia
- Secuencia del ADN
- Analice los datos, agrupe las secuencias en OTU, intente combinarlas con organismos conocidos de una base de datos
- Busca las rutas del metabolismo de los organismos
O podría usar espectrometría de masas e ir directamente a la metaproteómica.