¿Existen alternativas a la tripsina para digestiones peptídicas de proteínas con regiones altamente hidrofóbicas?

Sí. Elastasa, pepsina y termolisina son posibilidades, ya que todas son proteasas inespecíficas que exhiben una preferencia por residuos hidrófobos. La elastasa proviene del páncreas porcino, la pepsina del estómago porcino y la termolisina del termófilo Bacillus thermoproteolyticus rokko. El uso de estas proteasas para aplicaciones basadas en proteómica es un concepto relativamente nuevo, y los protocolos se están elaborando lentamente, y para ahorrar pepsina, estas enzimas son prácticamente desconocidas para la mayoría de los usuarios de EM.

El uso de estas proteasas es un desafío, ya que las proteasas no específicas crean fracciones peptídicas complejas, lo que complica su uso en la EM, aunque las fracciones peptídicas generadas son manejables en el caso de proteínas individuales, o para mezclas de proteínas simples.

Algunas lecturas: Estrategias de escisión de proteínas para un análisis mejorado del proteoma de membrana
Abordando el sesgo de la tripsina en el análisis de proteoma a gran escala (phospho) por cromatografía de exclusión de tamaño y digestión secundaria de pe grande post-tripsina … – PubMed – NCBI

¿Qué tipo de proteínas quieres decir? La mayoría de las proteínas de membrana, por ejemplo, tienen regiones transmembrana altamente hidrófobas, pero muchas se escinden perfectamente con tripsina (a menudo hago esto en el laboratorio).

Las proteasas a veces son específicas, pero generalmente para una región particular o secuencia de residuos. Si una proteína tiene regiones hidrofóbicas o no debe hacer una gran diferencia, a menos que esta sea la región en la que desea ser escindido.

Sí hay.

  • La quimotripsina se escinde en el extremo C terminal Y, F, W y L, y en el terminal C secundario de M, I, S, T, V, H, G y A.
  • Prolina-endopeptidasa para P y A que son hidrófobas medianas.