Si la proteína se desnaturalizara después del calentamiento, ¿cada alimento cocinado ya no tendría proteína?

Agregaré a las otras excelentes respuestas aquí que las proteínas desnaturalizadas por calentamiento son mucho más fáciles de digerir. Además del desplegamiento, existirá cierto grado de hidrólisis de la cadena principal del péptido, y la proteína desnaturalizada será mucho más susceptible a la degradación por las enzimas proteolíticas. El resultado será un mayor grado de absorción de aminoácidos en el intestino.
Efectos de la cocción de carne, y de la cantidad ingerida, sobre la velocidad de digestión de proteínas y la entrada de proteínas residuales en el colon: un estudio en Minipigs

El efecto de cocinar sobre la disponibilidad de nutrientes se extiende también a los carbohidratos. Hay un buen argumento para afirmar que la invención de la cocina y el aumento resultante en la nutrición fueron un requisito clave para la evolución de los cerebros grandes en ancestros humanos.
Cocinar cerebros más grandes

Aquí hay buenas respuestas, pero creo que una imagen vale más.
La proteína realmente no desaparece, simplemente ya no puede funcionar. Pero, dado que nuestro sistema digestivo desnaturaliza y fragmenta las proteínas en los aminoácidos constitutivos, de todos modos la desnaturalización térmica mediante la cocción no causa ninguna pérdida de nutrición.

La desnaturalización de proteínas significa que su estructura ha cambiado de terciaria o cuaternaria a primaria o secundaria. Incluso cuando la proteína se desnaturaliza, no pierde su valor nutricional ya que nuestro cuerpo necesita aminoácidos, que también están presentes en la proteína desnaturalizada.

Una proteína desnaturalizada sigue siendo una proteína. Simplemente ha cambiado la conformación, su forma tridimensional y, por lo tanto, ha perdido su actividad normal.