Por lo general, no lo hacen. No hay necesidad de compartimentación. Solo te preguntas cuando consideras los efectos de las reacciones metabólicas sin tener en cuenta sus mecanismos. Como regla, ninguna de estas reacciones ocurre espontáneamente a la velocidad que importa a la vida.
Las reacciones son catalizadas por enzimas, que están reguladas. Si ve un intermediario metabólico importante en la encrucijada de las vías catabólicas y anabólicas, puede apostar a su granja que esas vías están reguladas recíprocamente. Es decir, no proceden al mismo tiempo y al mismo ritmo. Hay excepciones, pero por regla general, si hay un conjunto de procesos incompatibles de cualquier tipo (no solo anabolismo / catabolismo), están separados en el tiempo por la regulación recíproca de sus enzimas.
Un ejemplo es la glucólisis: Conferencia 16: Regulación recíproca de la glucólisis y la gluconeogénesis
Un ejemplo más:
Variaciones en los Ritmos de Respiración y Fijación de Nitrógeno en Miembros del Género de Cianobacterias Diazotróficas Unicelulares
Hay, por supuesto, ejemplos de compartimentación útil, como la secreción de enzimas catabólicas por procariotas y el uso de lisosomas por euks para el mismo propósito. Pero el hecho de que algunas células usen orgánulos mientras que otras logran todo lo que necesitan usando solo la membrana celular sugiere que los orgánulos son solo accidentes de la evolución. Las cosas funcionan bien de cualquier manera.