¿Cómo se pliegan las proteínas de plegado ultra rápido tan rápido?

El plegamiento ultrarrápido ocurre en ciertas regiones / dominios de proteínas nativas y, como su nombre indica, se caracteriza por un plegamiento mucho más rápido que el observado en la mayoría de las otras proteínas (del orden de…
¿Cómo es importante la termodinámica en el estudio del cambio de conformación proteica?

Respuesta corta: la termodinámica ayuda a comprender cómo y por qué ocurre un cambio conformacional. Respuesta larga: ¿Para qué se puede usar la termodinámica (TD)? Para saber si un proceso es termodinámicamente factible o no, es decir, si…
¿Cómo se interpretan físicamente los diferentes patrones de difracción entre A-DNA y B-DNA?

Aquí hay un documento excelente que analiza en detalle cómo interpretar la estructura molecular del ADN en función de su patrón de difracción: ADN-A y ADN-B: Comparando sus Imágenes Históricas de Difracción de Fibra de Rayos X. También…
¿De qué nuevas maneras podrían aplicarse las técnicas de aprendizaje automático a la investigación en biología?

Ya se aplican ampliamente en genética para modelos de predicción. La respuesta farmacológica y la predicción fenotípica son ejemplos.
¿Qué grupos de investigación o profesores están actualmente investigando en bioquímica teórica / biofísica en los mejores lugares de los EE. UU.?

Hay 5 profesores en la subdivisión de Biofísica Teórica y Computacional en UIUC. Esta página del Departamento de Física Aplicada también debe proporcionarle una buena cantidad de información. El Prof. Dave Thirumalai es un prominente químico teórico que…
¿Cuáles son algunos motivos estructurales que son imposibles de crear con los 21 aminoácidos estándar?

La pregunta que se hace es difícil, si no imposible, de responder. Los “motivos estructurales” se definen como motivos porque son estructuras regulares observadas en los péptidos, por lo tanto, están claramente y obviamente construidos con los aminoácidos…
¿Cuál es la diferencia entre el modelo de nucleación-condensación (y otros modelos) de plegamiento de proteínas?

En el modelo de condensación de nucleación, las estructuras de proteínas secundarias y terciarias se fabrican al mismo tiempo; el núcleo hidrofóbico de la proteína se colapsa de forma aleatoria permitiendo que se formen los elementos estructurales secundarios…
¿Hay efectos de poner aminoácidos con carga negativa (como el aspartato) junto a los aminoácidos con carga positiva (como la lisina)?

Suponiendo que estamos hablando de residuos de aminoácidos dentro de una proteína, y no de botellas de productos químicos colocadas unas junto a otras en un estante, esto produce lo que se conoce como un “puente de sal”.…
¿Hay algún problema bioquímico abierto que pueda resolverse con métodos computacionales independientes de los métodos biológicos?

Creo que un buen problema bioquímico es la estructura libre mínima de la fibra de cromatina de 30 nm (si tal cosa existe). Actualmente hay varios modelos propuestos para la fibra de 30 nm También hay varias soluciones…
¿Cuál es el mecanismo de encapsulación de drogas dentro de los liposomas?

El liposoma es una vesícula que está formada por una bicapa de fosfolípidos. Los lípidos son estas moléculas mágicas de las que está hecha la membrana celular. Por lo general, se ve algo como esto- Hay una cabeza…