¿Cómo se compara la resistencia del apilamiento de bases con la del enlace de hidrógeno entre nucleobases en el ADN bicatenario?

Curiosamente, los enlaces de hidrógeno no representan significativamente la estabilidad de la doble hélice. De hecho, las interacciones de apilamiento base contribuyen predominantemente a la estabilidad dúplex global. A primera vista, el enlace de hidrógeno entre dos bases…
¿Por qué una muestra homogénea de células daría como resultado dos picos fluorescentes en un solo canal?

Creo que es porque no son esféricas (1), por lo que sus diferentes orientaciones individuales en la zona de iluminación afectarán (potencialmente) tanto la absorción de la luz como la emisión de fluorescencia. En resumen, pueden ser homogéneos…
¿Son los enlaces de hidrógeno internucleobases en el ADN bicatenario más favorables en términos de entropía que los formados entre las nucleobases en el ADN monocatenario con agua?

La formación de enlaces de hidrógeno entre pares de bases es entropically desfavorable en comparación con la formación de enlaces de hidrógeno con agua. Hay muchos estados posibles cuando se une hidrógeno con agua, pero solo un estado…
¿Cuál es el papel de las estructuras cruciformes en el ADN?

Las estructuras cruciformes pueden proporcionar sitios de unión más específicos para las proteínas y otras moléculas. Su forma distintiva se puede usar más fácilmente para atar. Un uso interesante de una estructura cruciforme es en la conjugación bacteriana…
¿Cómo se usan las funciones de Bessel para determinar la estructura de doble hélice del ADN a partir de su patrón de difracción de rayos X?

“La suerte favorece a la mente preparada.” -Luis Pasteur. Francis Crick reconoció los datos de Franklin que implicaban una estructura helicoidal para B-DNA y que les valió el premio Nobel. Para empezar, un elemento estructural frecuente en materiales…
¿La energía de desolvatación de un residuo de proteína / aminoácido determina si es más hidrofóbica o hidrofílica?

Aminoácidos: Sí, las energías de desolvatación, obtenidas de las interfaces agua-aceite se pueden usar para distinguir entre residuos hidrofílicos e hidrofóbicos. La energía libre de desolvatación surge del efecto hidrofóbico, y se puede usar como una medida (aunque…
¿Es posible predecir computacionalmente las interacciones proteína-proteína a escala genómica amplia?

Hay dos formas de hacer predicciones: (1) Usar simulaciones atomísticas para simular las interacciones proteína-proteína. En teoría, esto puede proporcionar una gran precisión, pero es muy lento y depende de campos de fuerza precisos para aproximar los efectos…
¿Las personas que utilizan los programas de difracción de rayos X para predecir la estructura de una proteína en función de su patrón de difracción a menudo lo tratan como una caja negra?

A menudo, sí. Por lo general, eso también está bien: el software se ha desarrollado enormemente, y es una historia de éxito de la informática científica el hecho de que algo tan escandalosamente complicado * funciona con los…
¿Cuán específicamente la fosforilación aumenta la energía de una molécula para el cambio?

En términos simples, la adición de un grupo fosfato a una molécula durante la fosforilación desestabiliza la molécula en ese enlace, desplazando el equilibrio de energía libre del sistema local, bueno, fuera del equilibrio. La energía en el…
¿Cómo el mayor contenido de GC induce una estructura secundaria en ácidos nucleicos?

Me voy a centrar en la estructura secundaria del ADN. Con suerte, alguien más familiarizado con RNA puede escribir una publicación. Primero, una pequeña digresión: Según lo sugerido por Adriana Heguy, las secuencias ricas en GC son más…