¿Cómo se relaciona el modelado multiescala con los métodos Mecánica Cuántica (QM) y Mecánica Molecular (MM)?

Una pequeña introducción El modelado de fases condensadas presenta varios problemas, principalmente debido al hecho de que generalmente hay un gran número de átomos para modelar. Normalmente, estos problemas se tratan describiendo los átomos en un sistema computacional…
¿Qué tan factible es computacionalmente predecir las afinidades de unión de las drogas / moléculas pequeñas al conjunto completo de proteínas mutadas?

No estoy seguro de entender tu pregunta. ¿Ya tiene la afinidad de un medicamento con la proteína de tipo salvaje y ahora está tratando de predecir si la afinidad cambiará con un mutante de la misma proteína? Si…
¿El plegado de proteínas es jerárquico?

No estoy seguro de lo que quiere decir por jerárquico, pero … La respuesta depende de si está hablando de replegamiento, como en un bioquímico que ha desarrollado un desorden de proteínas y lo está viendo replegarse, o…
¿Cuáles son algunas alternativas para FRET en la detección de interacciones proteína-proteína?

Similar a la respuesta del usuario de Quora, pero para un enfoque de mayor rendimiento, querrás hacer selecciones, no pantallas. Con las pantallas fluorescentes está limitado a quizás más de 1000 muestras, mientras que con las selecciones en…
Cómo estudiar oligómeros de proteínas de membrana

En primer lugar, necesitaría saber si es un homo-oligómero u heterooligómero, donde el sitio activo es (específicamente, los dominios transmembrana y citosólico necesarios para la función), y qué exactamente sobre eso le gustaría estudiar. . Un método de…
¿Qué podríamos aprender si la biología sintética aumenta la diversidad de las estructuras secundarias de proteínas más allá de las hélices alfa y las cadenas beta?

De hecho, existen otras estructuras secundarias que existen en las proteínas naturales. La hélice pi, por ejemplo, se subestimó inicialmente a menos del 1% en muchas proteínas. Los mejores programas ahora ponen pi hélices al 15% de todas…
¿Qué modelos de biomembrana se utilizan para realizar computacionalmente diversas interacciones fisicoquímicas?

Se elige un modelo de membrana basado en las propiedades fisicoquímicas del interés investigativo. Nota: esta publicación está restringida a campos de fuerza de CG de lípidos (FF). Hay demasiados CG FF. Aquí es cómo eliges uno: Identifica…
¿Puede el estrés oxidativo causar el plegamiento incorrecto de los priones?

Gracias por el A2A Alaka Halder ha respondido la pregunta. Me gustaría agregar algunos puntos interesantes para el entretenimiento puro: Sí , el estrés oxidativo es una de las principales razones plausibles por las cuales una proteína, cualquier…
¿Cómo se modelan los efectos del daño de la radiación sobre las proteínas?

Si se refiere al daño por radiación en la cristalografía, ver Www.raddo.se o Zeldin et al. ‘Predicción de la vida útil de los cristales de proteínas’ en PNAS. La descarboxilación y otros efectos específicos a la estructura atómica…
¿Cómo afecta la alta presión hidrostática las tasas de agregación de proteínas?

La presión termodinámicamente alta generalmente suprime la agregación pero puede estabilizar los intermedios propensos a la agregación termodinámicamente desfavorable Típicamente, cuando las proteínas se asocian, el ajuste no es perfecto y existen cavidades en la interfaz entre las…