¿Cuán computacionalmente costoso es predecir las interacciones de acoplamiento proteína-proteína, en relación con la predicción de la estructura de la proteína?

Proteínas plegables de los primeros principios: Meses y generalmente no tiene éxito excepto por las proteínas más pequeñas [1] Predicción de la estructura de la proteína usando estructuras previas en el PDB: 8 horas (ITASSER) Atraque de proteínas…
¿Cómo puedo calcular las frecuencias de aminoácidos / composiciones para proteínas en un archivo FASTA que contiene varias secuencias de proteínas?

Puede usar COPid: Calcular la composición de una herramienta web de proteínas. Secuencia (s) de aminoácidos dados Este programa calculará la composición de aminoácidos o dipéptidos o las propiedades químicas particulares de los aminoácidos. Y es compatible con…
¿Cómo podemos predecir computacionalmente cómo un SNP afectará la función de una proteína?

Permítanme comenzar agregando un breve resumen de biología para contextualizar mi respuesta. Un SNP en alguna secuencia de ADN codificante podría dar como resultado una mutación sinónima o sinónima de aminoácidos. Recuerde, un solo aminoácido podría estar codificado…
¿Cómo la estructura secundaria en un ácido nucleico afecta la profundidad de cobertura en su secuenciación profunda?

Si una secuencia tiene tendencia a formar bucles en horquilla (por ejemplo, GGGGGCCCCC …) u otras estructuras que interfieren con la unión de las secuencias diana, pueden estar subrepresentadas.
¿Qué lenguajes de programación o habilidades son útiles para los científicos biomédicos en las industrias farmacéutica y biotecnológica (no en ensayos clínicos)?

La respuesta honesta es VBA para que puedas convertirte en un excelente profesional pero idealmente aprenderías R y Python. También echaré un vistazo a ¿Qué lenguajes de programación son los mejores para alguien interesado en biología computacional? ¿Qué…
¿Cuál es la diferencia entre Pfam y PROSITE?

Al alinear secuencias de proteínas, a menudo es evidente que ciertas regiones o aminoácidos específicos están más conservados que otros. Dichas regiones conservadas a menudo se conservan porque codifican una parte de la proteína que es funcionalmente importante.…
Cuando la cristalografía de rayos X no proporciona la estructura completa de una proteína, ¿cómo se determinan los residuos restantes?

Depende del caso No estoy seguro de haber entendido correctamente la pregunta, pero supongo que está tratando con un archivo PDB (¿cuál podría indicar el código en su pregunta?) Con un montón de átomos faltantes. Esto pasa. Como…
Biología de sistemas: ¿cómo se pueden llenar los vacíos que existen en las redes metabólicas?

En general, después de encontrar lagunas, lo que puede hacer para llenarlas es utilizar una reconstrucción de referencia e intentar usarla para extraer las reacciones que satisfarán sus reacciones faltantes. Por ejemplo, digamos que identificó que hay un…
¿Cómo puedo determinar todas las OTU en una muestra de kéfir casero?

Un anwer rápido: Extrae el ADN Amplifique regiones específicas de ADN, 16S para bacterias, ITS1 o 2 para levadura Aplicar adaptadores de secuencia Secuencia del ADN Analice los datos, agrupe las secuencias en OTU, intente combinarlas con organismos…
¿Pueden los graduados en informática unirse a un laboratorio computacional de descubrimiento de fármacos si saben poco sobre química y física?

La cantidad de química que necesitará dependerá de la técnica utilizada. Algunas técnicas, como Docking (molecular), intentan modelar la realidad física en algún nivel. Por lo tanto, diseñar una nueva técnica requiere una comprensión bastante sofisticada de los…