¿En qué se relacionan las coordenadas X, Y, Z en un archivo de base de datos de proteínas (PDB)?

La coordenada XYZ 0,0,0 se encuentra en la esquina de una unidad asimétrica de la red cristalina. Aunque, también es algo arbitrario, y puede ser movido por el usuario.
Quiero hacer una simulación de dinámica molecular para ver la formación de una hélice alfa o una hoja beta. ¿Alguna sugerencia sobre cómo proceder?

Esto es realmente bastante fácil ya que la formación de la estructura secundaria ocurre en una escala de tiempo extremadamente rápida. Hay muchas maneras de abordar el plegamiento de proteínas con la simulación MD, pero casi con certeza…
¿Cómo causa la CJD que las proteínas se multipliquen?

La CJD y otras enfermedades de plegamientos incompletos de proteínas y priones pueden ocurrir espontáneamente. Esto se debe a que el estado priónico o mal plegado es una conformación estable alternativa de la proteína. CJD ocurre espontáneamente más…
¿Qué tan adecuados son los campos de fuerza macromolecular de grano grueso para llevar a cabo el plegamiento de proteínas?

Los modelos de grano grueso (GC) pueden usarse para estudiar aspectos del plegamiento de proteínas, como la cinética de plegamiento o la termodinámica de las proteínas globulares (junto con los datos experimentales), pero, por supuesto, existen limitaciones. Uno…
¿Por qué es importante el plegamiento de proteínas celulares?

Es la forma de las proteínas lo que es importante. Decimos “estructura = función” con proteínas. Una silla que no tiene asiento no funcionará como una silla. Una cuchara con forma de tenedor no funcionará correctamente. Es lo…
Quiero ayudar a avanzar en nuestra comprensión del plegamiento de proteínas. ¿Debo enfocarme en mejorar las simulaciones, leer datos o algo completamente diferente?

Depende de la parte a la que desee contribuir. Puede elegir mejorar mejor las simulaciones y las predicciones de estructura de secuencia, o puede hacer experimentos para comprender el proceso de plegado en un sistema determinado.
¿Cómo se deriva Ku = Fu / Ff con respecto a las concentraciones variables de desnaturalizante en los experimentos de plegamiento de proteínas?

La definición de una constante de equilibrio es la concentración de los productos dividida por la concentración de reactivos ([matemática] \ frac {[P]} {[R]} [/ math]). Si piensa en desplegarse como una reacción, los productos son proteínas desplegadas…
¿Es deseable la desnaturalización de las proteínas?

Hola… Ciertamente no, a menos que sea una proteína patógena. La desnaturalización de las proteínas del huésped es un síntoma del envejecimiento y, posteriormente, dará lugar a la muerte celular. Por otro lado, las proteínas patógenas, tales como…
¿Pueden las enzimas desnaturalizarse del frío?

El frío hará que una enzima sea menos reactiva y menos energética. Una enzima fría reaccionará más lentamente que una enzima cálida simplemente porque las menores cantidades de energía en el sistema disminuyen la velocidad a la que…
¿Cuáles son algunas buenas conferencias de plegamiento de proteínas?

Las mejores conferencias de plegamiento de proteínas para ir a depender en gran medida del tamaño que desee y qué nivel desea ver. Me imagino que la mejor conferencia grande sería la Reunión Anual de la Sociedad Biofísica.…