Estoy planeando hacer mi tesis sobre el plegamiento de proteínas (biofísica). He descargado PyRosetta para esto. ¿Es posible doblar las proteínas en PyRosetta? ¿Cómo y de dónde comienzo?

Estoy de acuerdo con las dos respuestas aquí. Primero debe tener una pregunta de investigación u objetivo bien definido basado en la revisión de la literatura. Formular una pregunta de investigación clara es tan difícil como la investigación…
¿Cómo se pliega una proteína oligomérica de una unidad monomérica separada?

Según Matthews en Dimerización de Proteínas y Oligomerización en Biología en general, para las proteínas destinadas a ser transportadas hasta la membrana esto parece ser cierto, ya que las subunidades se unen a la membrana individualmente a los…
¿El plegamiento de proteínas todavía ocurre fuera de las condiciones fisiológicas?

Eso sin duda dependerá de qué tan lejos de las condiciones fisiológicas normales que está preguntando. Cuanto más lejos de las condiciones “normales”, menos plegado esperaría de cualquier conformación de proteína. El plegamiento de proteínas es un proceso…
¿Por qué las fibrillas de amiloide no pueden ser degradadas proteolíticamente?

El sitio activo de las enzimas proteolíticas necesita acceso a las proteínas para degradarse. Para muchas proteínas, el estado amiloide es energéticamente muy estable, por lo que es efectivamente imposible separar las proteínas individuales de las fibrillas amiloides.…
¿Cómo se determina el plegamiento de proteínas?

Está determinado por múltiples factores: la secuencia de aminoácidos dentro de la estructura primaria de la proteína de la cadena polipeptídica – el plegamiento de la proteína se produce debido a las interacciones entre los residuos de aminoácidos.…
¿Por qué es importante el plegamiento de proteínas?

Creo que la mejor manera de entender la importancia es simplemente describir lo que sería posible si dominamos el plegamiento de proteínas. Puede diseñar tratamientos genéticamente personalizados que se dirijan a células específicas en el cuerpo. Estas pueden…
¿Cuál es la diferencia entre una proteína soluble e insoluble?

La solubilidad de una molécula en agua depende de la medida en que los factores desfavorables para crear una cavidad en el agua se equilibren mediante interacciones favorables con las moléculas de agua circundantes. Una medida de las…
¿Quién debería ganar los premios de ciencia por plegamiento de proteínas?

Probablemente David Baker. Sus contribuciones al campo son incomparables. Inventó Rosetta, el mejor software disponible para diseñar proteínas con pliegues novedosos que no se ven en la naturaleza.
¿Por qué los polisacáridos no se pliegan en conformaciones específicas como lo hacen los polipéptidos?

Ambos polipéptidos y polisacáridos son cadenas poliméricas. Dependiendo del equilibrio entre la auto interacción, la interacción con el solvente y los efectos entrópicos, ambos exploran estados ordenados / plegados y conformaciones desordenadas de tipo espiral aleatorias. Sin embargo,…
¿Cuál es la teoría del paisaje energético para el plegamiento de proteínas?

Este es realmente el caso donde una imagen vale más que mil palabras. Fuente KIAS Theoretical Biofísica Grupo La teoría del paisaje para el plegamiento de proteínas es la siguiente. Las proteínas se pliegan buscando el estado de…