Biofísica Computacional: ¿Qué contribuye más a los errores en la predicción y simulación de la estructura: inexactitudes en el hamiltoniano o muestreo insuficiente?

Sorprendentemente, para la mayoría de las proteínas, en realidad es un muestreo conformacional . Si nos fijamos en la mayoría de las parcelas RMSD vs. energía, claramente hay un embudo, pero raramente tomamos muestras de esas conformaciones. Echemos…
¿Es cierto que la vida de las proteínas solo puede existir a ciertas limitaciones de tamaño físico?

Sí, un virus, por ejemplo, no puede ser mucho más pequeño porque debe contener su propio código genético, que está limitado por el tamaño de los átomos y las moléculas. Disminuir aún más el tamaño requiere una reducción…
¿Cómo se dañan las proteínas por el estrés nitrativo?

Creo que es debido a la nitrosilación de las cisteínas en las proteínas. Se espera que esto conduzca a la pérdida de actividad proteica. También ha habido algunos informes de nitrosilación de proteínas bacterianas debido a la producción…
¿Qué proteínas específicas para las neuronas son propensas a formar agregados?

Lo siento, no tengo tiempo para escribir una respuesta larga aquí, así que le daré solo las dos proteínas más comunes: -Tau -La proteína precursora de amiloide beta puede escindirse de ciertas maneras para generar polipéptidos propensos a…
¿Cómo funciona la secuenciación de proteínas a través de la degradación de Edman?

Las degradaciones de Edman, con muchas modificaciones en los secuenciadores y condiciones, y la secuencia siguiente a las degradaciones, fueron (y posiblemente son) valiosas para encontrar la composición de aminoácidos de proteínas hoy en día, aunque otras técnicas…
¿Qué es más difícil: metabolómica o proteómica?

He llevado a cabo experimentos de proteómica (iTRAQ) y metabolómica (1H NMR) en ostras para conocer los efectos inducidos por los metales. Desde mi punto de vista, el enfoque iTRAQ es más difícil de utilizar en comparación con…
Proteínas (bioquímica): ¿Por qué todas las carpetas ultrarrápidas conocidas tienen una cinética térmica anti-Arrhenius?

Sería difícil establecer lo siguiente con certeza, pero con un poco de suerte ofrecerá un atractivo intuitivo. Puede pensar en el plegamiento de proteínas como un proceso de varios pasos, como levantarse por la mañana. El proceso es…
¿Qué temperatura es lo suficientemente alta como para romper los enlaces disulfuro de cisteína en las proteínas?

Ese es un enlace covalente, por lo que presumiblemente la temperatura tendría que ser tan alta que también casi rompería los enlaces carbono-carbono y los enlaces carbono-nitrógeno dentro de la estructura del péptido. Si desea romper el enlace…
¿Cuán reproducibles son las estructuras cristalinas de rayos X de las proteínas?

En el contexto de otros ensayos bioquímicos, las estructuras son extremadamente reproducibles. Las proteínas son moléculas fundamentalmente dinámicas. La cristalografía, como todas las demás técnicas de biología estructural, es un método de promediado. La estructura es un promedio…
¿Es posible crear enzimas de restricción sintéticas que cortarían sitios de restricción específicos?

Las nucleasas de edición de genes son la próxima gran novedad en genética molecular. Pueden realizar cambios específicos y precisos en el genoma de un organismo. Esto ha abierto nuevas posibilidades para el estudio de la función genética,…