He llevado a cabo experimentos de proteómica (iTRAQ) y metabolómica (1H NMR) en ostras para conocer los efectos inducidos por los metales. Desde mi punto de vista, el enfoque iTRAQ es más difícil de utilizar en comparación con el método NMR.
- Más pretratamiento y otro procedimiento de soporte, que incluye Western Blot, ELISA y la técnica GC-MS; Casi todos los pasos requieren un ambiente de baja temperatura en el hielo. Además, la cantidad precisa de contenido de proteína debe medirse por abordaje estándar como Bradford. En realidad, es un método lento de elegir.
- Menos números de muestras y, en consecuencia, mayor dificultad; Para iTRAQ, finalmente solo tiene una muestra mixta para medir. Si hubo algún error en el procedimiento anterior, su resultado será negativo y no se puede encontrar una variación significativa de las proteínas. Pero para la metabolómica, cada grupo puede constar de al menos siete muestras, lo que en realidad es un alto grado de tolerancia a las fallas.
- Fácil manipulación de la medición de la técnica de RMN; El uso de BRUKER 600 MHz es eficiente y eficaz para conocer los efectos metabolómicos de los organismos;
- Una forma de análisis más simple para el estudio de metabolómica; Puedo obtener la mayor parte de la información haciendo el procesamiento de espectros (MestReNova) y el software PLS-DA o OPLS-DA (SIMCA-P +) dentro de uno o días. Matlab puede hacerme un favor para visualizar la variación de los metabolitos también, y no costará demasiado tiempo en total para terminar todo el experimento.
En conclusión, metabolomis parece ser una forma más fácil de conducir la información interna del organismo. Sin embargo, realmente depende del tipo de historia que se pretende contar diseñando un experimento de investigación.
