Esto depende de lo que quieras decir por posible. Teóricamente es posible si tiene recursos informáticos infinitos (o al menos considerablemente más de los que tenemos ahora) (RAM, espacio en disco, velocidad de procesamiento …). Prácticamente, actualmente no es posible, pero todavía lo intentamos y a veces tenemos suerte. Lo que le interesa se conoce como ‘optimizar’ la estructura para encontrar la conformación de energía mínima. Es algo que los químicos computacionales hacen mucho y también pueden hacer con mucha precisión con sistemas pequeños, como un par de moléculas de agua.
Lamentablemente, los métodos precisos utilizados para hacer esto escalan muy mal con el tamaño del sistema. Un método común, CCSD (t) escalas aproximadamente como el número de electrones a la octava potencia. Todos los recursos informáticos requeridos se escalan así, por lo que pasar de una molécula de agua a una proteína (y mucho menos a una proteína rodeada de agua) es una actividad masiva y simplemente no es factible con las computadoras modernas. Como resultado, los métodos “precisos” no se pueden usar. Pero las personas son inteligentes y desarrollan otras formas y métodos más baratos. Lamentablemente, esto generalmente tiene el precio de la precisión.
La forma en que se realiza la modelación proteínica más moderna es con la mecánica molecular, que es solo un modelo de bola y resorte que utiliza mecánica clásica y “campos de fuerza”. Estos campos de fuerza generalmente están diseñados para funcionar para tipos específicos de sistemas y generalmente producen resultados razonables para esos sistemas pero hacen terriblemente para otros. Parte del modelado de proteínas a menudo es averiguar qué campo de fuerza debe usar. Para resumir, en teoría, sí; en la práctica, si tienes suerte.
