Esta pregunta es muy amplia, ¿qué pregunta científica le gustaría modelar? El software Molecular Dynamics en general, hay paquetes gratuitos. Sin embargo, la precisión de la dinámica molecular en el modelado de grandes macromoléculas puede ser sospechosa. Si desea predecir si un ligando se unirá a un bolsillo flexible, serían útiles múltiples estructuras de cristal del bolsillo en conformaciones únicas, con algunas muestras del espacio de ángulo de torsión con una función de extracción de muestras para encontrar un buen ajuste entre un ligando y su bolsillo, podría ser un buen modelo para una proteína en movimiento en el caso del acoplamiento.
¿Cómo se modelan los movimientos de las proteínas?
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