¿Cuáles son algunos buenos proyectos de fuente abierta en investigación médica?

Tal vez no sea la investigación médica per se, sino en el campo de la imagenología médica:

ITK: Kit de herramientas de registro y segmentación
VTK – El juego de herramientas de visualización

Ambos están respaldados por Kitware, que es una gran compañía que lanza casi todo el software que produce como software de código abierto.