¿Es posible teñir un gel de SDS-PAGE antes de Western Blot?

Un método para las transferencias Western que reconocen epítopes lineales es usar una tinción reversible. Las manchas de zinc usan una solución coloidal de sales insolubles de zinc-imidazol. [1] [2] Las sales dispersan la luz y convierten el gel en un blanco lechoso opaco. [3] El zinc se une a SDS. La unión de SDS desplaza el ion imidazol, disolviendo el precipitado de dispersión de la luz.

El resultado es una imagen negativa: clara donde está la proteína y blanca en todas partes, que generalmente se fotografía contra un fondo negro para que las bandas de proteínas claras sean más fáciles de ver. [4] Las manchas de zinc se eliminan fácilmente lavándolas con un fuerte quelante como EDTA.

Tenga en cuenta que el método depende de SDS. No funcionará si el anticuerpo reconoce un epítopo conformacional plegado.

Notas a pie de página

[1] Detección de biomoléculas en geles de electroforesis con sales de imidazol y zinc II: una década de investigación

[2] https://www.researchgate.net/pub…

[3] http://onlinelibrary.wiley.com/d…

[4] Uso de una placa de luz retroiluminada para mejorar la visualización de geles revertidos con imidazol-zinc

Dependiendo de las aplicaciones posteriores, existen opciones para teñir geles antes de Western blot.
La fluorescencia en gel (esencialmente solo iluminando el gel con luz ultravioleta u otra luz filtrada) puede permitirle detectar proteínas marcadas fluorescentemente. De forma similar, el análisis de transferencia de Western en gel es posible cuando los anticuerpos se aplican directamente al gel para permitir la detección, pero se requieren protocolos de lavado rigurosos para que esto sea posible.
De lo contrario, la tinción de Coomassie es una forma de visualizar todas las proteínas en un gel que a menudo se realiza en lugar de Western Blot.
Alternativamente, la electroforesis en gel de poliacrilamida azul nativa (BN-PAGE) usa Coomassie G-250 en lugar de SDS u otros detergentes para impartir una carga a las proteínas. El efecto es la retención de las conformaciones de proteínas nativas y la visualización directa de las bandas de proteínas a medida que el gel corre. Se han desarrollado técnicas que permiten la transferencia posterior de estas proteínas a las membranas, pero nunca he tenido éxito en eso. Los geles tienen que funcionar durante horas y a 4 grados, por lo que no es una alternativa rápida, pero si está estudiando la conformación de proteínas nativas, es una técnica útil si puede hacer que funcione.