Depende del tipo de homogeneidad de la que está hablando:
La pureza de la proteína se puede analizar mediante un simple gel de SDS con tinción de plata
La heterogeneidad en las modificaciones postraduccionales se puede analizar mediante cromatografía de intercambio iónico [1] o espectrometría de masas MALDI. [2] [3]
Los equilibrios de monómero / oligómero usualmente se miden por cromatografía de exclusión por tamaño, aunque este método omite oligómeros grandes que no entran en el gel y también pueden pasar por alto oligómeros dinámicos como micelas de proteínas. Un método mejor es la espectroscopía NMR por Difusión Ordenada DOSY, que mide la difusión de moléculas en solución. [4] [5] [6] [7] El método es lo suficientemente sensible como para medir diferentes conformaciones de la misma molécula. El límite de tamaño es de alrededor de 50 nm. La dispersión de luz dinámica y la dispersión de luz estática multiangular son otros métodos para medir distribuciones de tamaño. [8] [9] Los métodos de dispersión de luz tienen la ventaja de ser más sensibles pero están limitados en su capacidad para moléculas pequeñas con precisión en presencia de grandes.
Misfolded no oligomerized es el más difícil de caracterizar. Los valores de literatura para la actividad pueden ayudar si la proteína es una enzima y está ejecutando el ensayo en las mismas condiciones. Las técnicas 2D RMN pueden recoger conformaciones menores en intercambio lento y probablemente sean las más útiles aquí. Específicamente, la adquisición rápida, las técnicas de RMN optimizadas para la relajación transversal como BEST-TROSY pueden extender el límite de tamaño de la RMN y se pueden ejecutar con la rapidez suficiente para ejecutar una muestra sin marcar de la noche a la mañana. [10]
De [11]
¿Cuáles son los pros y los contras del uso de cryo-EM para determinar la estructura de una proteína?
¿Cuáles son las fuerzas que estabilizan la estructura de la proteína?
¿Qué cursos debería tomar si quiero obtener un doctorado en biofísica molecular?
Notas a pie de página
[1] La elucidación de la microheterogeneidad de p-hidroxibenzoato hidroxilasa altamente purificada de Pseudomonas fluorescens por diversas técnicas bioquímicas – BERKEL – 2005 – European Journal of Biochemistry – Biblioteca en línea de Wiley
[2] Un enfoque integrado para identificar modificaciones postraduccionales inducidas químicamente utilizando MALDI-MS comparativa y HPLC-ESI-MS / MS dirigida.
[3] https://www.researchgate.net/pub…
[4] Espectroscopía NMR ordenada por difusión
[5] https://www.researchgate.net/pro…
[6] https://www.researchgate.net/pro…
[7] Respuesta de Jeffrey Brender a ¿Cómo se pueden hacer las mediciones de difusión usando la técnica de RMN?
[8] Dispersión de luz dinámica para el dimensionamiento de partículas y medición de la distribución del tamaño de partícula
[9] Análisis de proteínas mediante dispersión dinámica de la luz: métodos y técnicas para estudiantes.
[10] Experimentos BEST-TROSY para asignación de resonancia secuencial eficiente en el tiempo de grandes proteínas desordenadas.
[11] Disección energética de la selectividad de Gleevec hacia tirosina quinasas humanas.
