La hidrofobicidad es la energía libre de la solvatación de una molécula o parte de ella. Entonces, el principal predictor de esto serían las estructuras de los residuos de los aminoácidos individuales. Cadenas largas de hidrocarburos, anillos aromáticos, etc., que son buenos indicadores de hidrofobicidad.
También dependería de la estructura secundaria de la proteína: con qué residuos interactúa la cadena lateral, en qué parte de la estructura está empaquetada con fuerza en un pliegue o hacia afuera, de cara al entorno de la proteína.
Entonces, para responder a su pregunta, probablemente la estructura de la proteína misma (si la conoce) le daría la respuesta más precisa. De lo contrario, los aminoácidos individuales en sí ya te llevarían bastante lejos.
