La teoría predominante es que las enzimas estabilizan los estados de transición entre el reactivo y el producto. Podría ser fácil pensar alegóricamente sobre esto:
Una planta de procesamiento de almejas tiene que abrir almejas y cortar el músculo dentro. El reactivo sería la almeja, y el producto sería una almeja cortada a la mitad. Después de que muchos trabajadores son enviados a casa con heridas en la muñeca al abrir las almejas, la planta compró una máquina que abre las almejas para que los trabajadores puedan cortar fácilmente el músculo de la almeja expuesta. Las almejas se estabilizan en su estado de transición (abierto), por lo que la energía restante que se debe agregar (el corte) del calor de las moléculas es mucho menor.
Una enzima literalmente dobla las moléculas en una forma que es más susceptible a la reacción. La energía para empujar a la molécula a convertirse en el producto se reduce, entre la reacción más rápidamente. (Tenga en cuenta que la cantidad total que reacciona no cambia, es una cantidad termodinámica. La fábrica solo puede procesar tantas almejas como reciban, sin importar qué tan rápido vayan.