Jaein. ¿Cuál es la jerga alemana para Ja + Nein = Sí y no?
En primer lugar, las proteínas están formadas por varios segmentos de diferentes estructuras secundarias, hélices A, láminas β, dedos de zinc y algunos segmentos son bucles sueltos que tienen una estructura definida muy pequeña, o solo adquieren un definido “estable” cuando están en complejo con un ligando
Las partes de una estructura claramente definida como las mencionadas anteriormente son “detectadas” fácilmente por los algoritmos apropiados porque tienen un patrón fácilmente reconocible. Hay varias de tales herramientas. UniProtKB es la base de datos más grande del mundo y su parte de proteínas tiene varias de estas “aplicaciones” donde puede cargar su secuencia y obtener una predicción bastante precisa de los elementos secundarios de la estructura.
Si la proteína es homóloga a otras proteínas, es decir, pertenece a una familia de proteínas similares de diferentes especies y conocemos la estructura de las otras proteínas con algún grado de certeza de lo que podemos dar un paso más. Hay programas que, basados en la similitud, pueden darnos una buena idea de cómo es una proteína.
Por otro lado, una proteína de familia poco estudiada que tenga pocos elementos estructurales cortos será imposible de predecir hasta que una de las estructuras de “hermanos” se resuelva mediante cristalografía.
