Dado un metabolito secundario, ¿cómo puedo descubrir la vía metabólica que lo produce?

Sugeriría usar una base de datos. El mejor que conozco se llama MetaCyc. Si desea encontrar un metabolito secundario en esta base de datos, realice los siguientes pasos.

1. Vaya a “buscar” en la barra en la parte superior y seleccione “buscar compuestos” en el menú desplegable.

2. Ingrese el nombre del metabolito secundario o una identificación de una base de datos como PubChem. (Se dan varias otras opciones para bases de datos externas).

3. Si la ruta de biosíntesis es parte de la base de datos MetaCyc (que es bastante completa), debe haber una ecuación química con las palabras “x biosíntesis”, donde x es el nombre de su metabolito secundario. Haga clic en “x biosíntesis”.

4. Esto debería llevarlo a una página que representa y proporciona información sobre la vía de biosíntesis. En la parte superior de la página, junto a “vista de enzimas [todos los organismos]”, habrá un par de cuadros en los que se puede hacer clic que dicen “más detalles” y “menos detalles”. Haga clic en más detalles.

5. Esto mostrará el camino en más detalle. Si todavía existe la opción de hacer clic para obtener más detalles, haga clic de nuevo. Esto mostrará el camino en mayor detalle. Por lo general, solo puedes hacer esto dos veces.

Al final, verás algo como esto:

Ahora sabes cómo encontrar la ruta metabólica que produce tu metabolito secundario.

Dado que hay muchas vías metabólicas, se deben reducir las posibilidades en la medida de lo posible. Me gustaría comenzar categorizando el 2 * metabolito en cuestión. Por ejemplo, ¿es un polipéptido, aminoácido, resto de carbohidrato, un compuesto similar a esteroides como squaline, otro lípido u otra cosa? Responder a esto debería ofrecer pistas sobre lo que podría haber sido el precursor metabólico y reduce las posibilidades de la vía en un grado significativo.

También quiero saber dónde se encontró dicho metabolito. Por ejemplo, hay una gran diferencia entre un metabolito encontrado en la orina, que uno que no se excreta, pero que se encuentra en algún lugar en medio de una secuencia metabólica larga y ramificada, como el aminoácido fenilalanina a ácido dihidroximodélico (DOMA), que puede ser detectado en el plasma, pero no se excreta en la orina. El ácido vanilimanélico (VMA), un metabolito de DOMA, sin embargo, se encuentra en la orina, donde los niveles altos indican la presencia de un tumor neuroendocrino. Vea el gráfico a continuación:

Entonces, de nuevo, categorizar el metabolito en cuestión es el punto de partida para identificar los precursores y las posibles vías.

¿Eso te mueve en la dirección correcta?

Si se conoce, una simple búsqueda bibliográfica le dará muchos consejos.

Si es novedoso o idiosincrásico, es difícil. Intenta mirar estructuras relacionadas. Versiones metiladas o no metiladas. Versiones acetiladas o desacetiladas. Busque modificaciones. Nitrosamina en lugar de amina. Amida en lugar de carboxilato. Glicosilaciones. Busque subestructuras dentro del metabolito que puedan ser precursores.

La vía involucrada podría ser microbiana.

Gracias por A2A. Para ser sincero, no estoy exactamente seguro. ¿Es posible detener las vías para el metabolito primario y ver qué pasa con el secundario? Se puede ver cómo un cambio en la vía modifica la concentración de la secundaria. Honestamente, no estoy seguro de mí mismo, pero ahora tengo curiosidad.