Bueno, para empezar, hay múltiples algoritmos que hacen tal cosa, pero creo que la pregunta no comprende qué diagramas moleculares realmente son.
Cualquier clase introductoria de biología o química reconocerá que, en la mayoría de los casos, los diagramas bidimensionales son representaciones inexactas de la geometría tridimensional de las moléculas y, lo que es más importante, tampoco es su objetivo principal hacerlo. En cambio, los diagramas 2-D son útiles porque nos muestran la composición de las moléculas y la estructura topológica, y esas cosas nos ayudan a entender la mayoría de las reacciones.
En cuanto a la traducción a 3-D, cualquier algoritmo no sería muy difícil de formular de manera abstracta -los principios de la geometría de las proteínas 3-D están bastante bien entendidos matemáticamente- es solo cuestión de incorporar todas esas matemáticas (y hay MUCHAS de ellas) ) en un programa y renderizarlos.
