Cómo romper una cadena de aminoácidos o proteínas para que pueda unirse fácilmente a una proteína diferente

Depende: ¿deseas hacerlo con especificidad o aleatoriamente? Más información sería útil.

Si necesita especificidad, esto puede ser muy complicado, por lo que probablemente sea mejor usar una proteasa e ingeniería en un sitio de reconocimiento de proteasa específico. Un ejemplo es la prease de TEV, que se escinde en ENLYFQ.S (donde = sitio de escisión). Esto significa que es probable que ganes una serina, lo que no sería ideal. Pero luego ligar dos péptidos no es trivial, por lo que es probable que tenga problemas.

Tradicionalmente, sin embargo, este cambio se haría a nivel de ADN, que es mucho más fácil y rápido. En este caso, simplemente uniría sus dos genes usando restricción y ligación y expresaría la nueva construcción de ADN. Estas técnicas son muy estándar y se pueden hacer con enzimas listas para usar. Definitivamente recomendaría este enfoque si se adaptara a tus necesidades.