Tengo que estar de acuerdo con Constantin y Edward, quienes también respondieron esta pregunta. El compuesto anterior es un análogo de estado de transición ya que imita el estado tetraédrico por el que pasa el sustrato en el punto de máxima energía en el camino para convertirse en un intermediario o producto. Sin embargo, para abordar la forma de interferir con el sustrato natural y la enzima (supongo que para establecer un mecanismo), a excepción del uso de un análogo de estado de transición que muestra su efecto inhibitorio en un diagrama de Lineweaver-Burke, también podría use inhibidores irreversibles (como sarin u otros organofosfatos como di-isopropilfluorofosfato) que se unirían covalentemente a su proteasa y matarían irreversiblemente su actividad (útil si desea obtener una estructura de rayos X de la interacción enzima-ligando) que también le indique qué intermedios puede tener en el camino. Con la cinética de reacción rápida podría utilizar métodos de enfriamiento rápido para aislar cualquiera de estos intermedios con sustrato marcado y la mutagénesis dirigida al sitio podría indicarle más de los residuos reales involucrados en el sitio activo y su función mecánica (es decir, mediante análisis de alanina), lo que le permitirá obtener tanto los residuos implicados en la unión al sustrato como aquellos implicados en la catálisis (dependiendo de si el Km o kcat de la enzima se ve afectado como consecuencia de la mutación)
El compuesto a continuación es un análogo de estado de transición. ¿Cómo haría para inferir el intermedio natural y el sustrato, y luego la actividad de la enzima?
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La parte importante de la molécula es la fracción de fósforo. Si piensas en un compuesto de carbono análogo, se asemeja a un intermedio tetraédrico formado a partir del ataque de agua en un grupo carbonilo.
Notarás que el carbonilo es una amida en este caso, que tiene un grupo amino en la posición alfa. Por lo tanto, la reacción que la enzima cataliza es una hidrólisis de enlace amida en un sustrato peptídico.
La enzima es entonces una proteasa.
El intermedio natural es un polipéptido sometido a hidrólisis de enlace peptídico (el aminoácido en el medio es glicina). El intermedio natural más o menos lo que Anonymous publicó, dependiendo de qué parte del mecanismo de reacción se detenga. Solo mire la hidrólisis de los enlaces peptídicos en su texto.
El sustrato es una proteína y la enzima tiene actividad proteolítica.
