En lugar de los métodos tradicionales, la cromatografía líquida de alto rendimiento se puede utilizar para la determinación de actividades enzimáticas. Los ensayos pueden realizarse una vez que la mezcla de reacción se ha inyectado en el aparato de HPLC. La elución de las muestras se lleva a cabo con tampones adecuados, y el (los) producto (s) formado (s) y el (los) sustrato (s) del horno izquierdo se determinan cuantitativamente por medio de un patrón interno. El ensayo de HPLC es rápido, selectivo y comparable con los métodos tradicionales. La actividad enzimática se puede medir fácilmente en unidades internacionales y el ensayo completo se realiza en 10-20 minutos.
Las enzimas pueden analizarse mediante HPLC calculando la cantidad de sustrato (s) sobrante (s), o producto formado, a través de las relaciones de área de pico con un estándar interno adecuado. Sin embargo, a veces los sustratos utilizados están contaminados con pequeñas cantidades de productos y esto puede conducir a errores en la determinación de la actividad de la enzima. Un método para una prueba de HPLC de tales enzimas, que previene eventuales errores, utiliza la relación sustrato / producto en el tiempo cero como patrón interno y la cinética se puede seguir con la ayuda de una ecuación matemática simple. Este enfoque se aplicó a la determinación de las actividades de las muestras de papaína, uroquinasa, NAD glicohidrolasa y piruvato quinasa y se comparó con los datos obtenidos por el método del estándar interno, dando resultados reproducibles en todos los casos.