La mayoría de las especies metila el C de los dinucleótidos CpG. CpG, convenientemente, es una secuencia palindrómica en el sentido de que, cuando la base está emparejada, la cadena opuesta tiene exactamente la misma secuencia. Cada una de las citosinas está metilada, lo que significa que cada metil-CpG en el ADN nuevamente replicado contendrá una CpG metilada en la cadena molde y una CpG no metilada de la cadena recién sintetizada.
La clase de ADN metiltransferasas llamada maintentancia metiltransferasas reconoce específicamente estas CpG hemimetiladas y metila la CpG en la nueva cadena, lo que conduce a la replicación del ADN donde cada copia contiene el mismo patrón de metilación que el original.
