Esta pregunta ha sido el tema de un trabajo importante y fascinante en los últimos años. Es importante, porque actualmente no hay una buena manera de distinguir entre infecciones virales y bacterianas. La incertidumbre diagnóstica resultante es un importante impulsor de la prescripción excesiva de antibióticos (“aquí hay un guión para un Z-pack, por si acaso”), que a su vez es un importante impulsor de la resistencia a los antibióticos. Y la resistencia a los antibióticos está surgiendo como una gran amenaza para la salud pública.
Octavio Ramilo ha sido pionero en los esfuerzos por encontrar una firma molecular que distinga de manera confiable las infecciones bacterianas de las virales. Aunque hay biomarcadores únicos de proteína que tienen algún valor diagnóstico (procalcitonina, PCR), ninguno de estos por sí solos son adecuadamente confiables para descartar una infección bacteriana y, por lo tanto, denegar los antibióticos. El grupo Ramilo, y el de Gregory Storch, han analizado los perfiles de ARNm de leucocitos de pacientes con infecciones bacterianas y virales, buscando una “firma” que distinga un grupo de otro. Ambos grupos han encontrado que un subconjunto modesto de transcripciones (18-35) se expresa de manera consistente en diferentes niveles en infecciones bacterianas y virales, y puede distinguir entre ellas con una precisión cercana al 95%.
Aquí hay una lista de genes encontrados en el trabajo de Storch: los califiqué cualitativamente en base a la Figura 4 en su artículo: 
“+” Significa regulado hacia arriba, “-” significa abajo, y “0” es poco cambio. Acabo de mirar estos desde mapas de calor.
Un enfoque más interesante, y creo que en última instancia más poderoso, es observar la expresión de proteínas en sangre completa. Es mucho más probable que una firma de proteína sanguínea lleve a un diagnóstico en el punto de atención, que es lo que realmente se necesita. Oved et al acaban de publicar un documento realmente excelente y completo que hace el análisis de proteínas. Aquí está la lista equivalente de su trabajo: 
En negrita las transcripciones / proteínas comunes a ambas listas. Puede que se sorprenda de que haya tan poca coincidencia. No soy. En general, la correlación entre los niveles de proteína y los niveles de ARNm no es tan buena, aproximadamente 0,6 en el mejor de los casos. En otras palabras, aunque la correlación es altamente significativa, no es altamente predictiva de cantidades. Además, los transcritos se toman de leucocitos e incluyen algunos productos génicos no secretados, mientras que las proteínas son todas solubles.
Como las proteínas son los efectores reales de la respuesta inmune, esperamos que estén mejor relacionados con la fisiología real de la enfermedad. La firma de Oved et al todavía no está allí como una posible prueba de diagnóstico. Su especificidad para detectar infecciones bacterianas es de alrededor del 90%, lo cual es bueno, pero no lo suficientemente bueno. Pero este es el primer trabajo en esta área, y no tengo dudas de que se realizarán mejoras.
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Un dispositivo de punto de atención que toma una punción dactilar de sangre y devuelve el resultado de una infección bacteriana o viral en 30 minutos es técnicamente posible y tendría una tremenda utilidad clínica para los pacientes, además de potenciar una mejor administración de antibióticos por parte de los proveedores de atención primaria. Esperemos que la economía funcione, y se puede hacer que suceda.
