¿Puede predecir computacionalmente el conjunto completo de proteínas a las que una molécula determinada (como una dopamina) tiene actividad agonista / antagonista (con valores EC_50 adjuntos)?

No es tan fácil comparado con el coeficiente de encuadernación porque tienes que mirar el segundo sistema de mensajería. Tendrá que desarrollar algoritmos individuales para cada tipo específico de familia de receptores.

Por ejemplo, los receptores en la familia 5-HT1 activan Gi / Go (que inactivan la adenilato ciclasa), los receptores en la familia del receptor 5-HT2 activan Gq que promueve la activación de la fosfolipasa C. Los receptores 5-HT3 son canales iónicos regulados por ligando, y los receptores 5-HT7 activan Gs que activan la adenilato ciclasa. Solo tendrá que observar la cadena entre el receptor y el siguiente efecto inmediato y ver si el ligando lo bloquea. Podría calcular cuánto cambia la constante de asociación, en presencia de ligando endógeno, entre el receptor y el segundo mensajero con una cantidad creciente de ligando externo, y esto le daría un EC o IC50. En el caso de un canal iónico controlado por ligando, cuánto se bloquea o mejora la conducción iónica, etc.