En estos días, muy raramente. En los viejos tiempos, si solo tenía una secuencia de proteínas (pero no una homología con otras proteínas), entonces podría usarla para ver qué era una hélice transmembrana:
Es excepcionalmente impreciso para algo más que eso, y en estos días hay tantas estructuras de proteínas (en el PDB), que generalmente hay algo de homología que es de fácil acceso usando bases de datos como Uniprot (UniProtKB).
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