Con un protocolo estándar ChIP-seq, tiras hacia abajo el ADN unido a tu proteína de interés que ha sido fragmentada, generalmente mediante sonicación, y luego utilizas una secuenciación de alto rendimiento para identificar estos fragmentos. Al final, obtienes “picos” que corresponden a unos ~ cientos de bp mapeados al genoma, y puedes (con suerte) hacer conjeturas basadas en el contexto de secuencia y / o motivos de unión conservados en cuanto a dónde dentro de esa región tu proteína de interés se une
ChIP-exo es un poco como combinar un experimento de huella de ADN con ChIP-seq: después de reducir los complejos de ADN / proteína (y antes de que haya revertido el entrecruzamiento de formaldehído), usa una nucleasa para degradar el ADN que no es t protegido (ligado) por su proteína. Entonces se puede hacer una secuenciación profunda para identificar exactamente dónde se une la proteína: al final, debería poder identificar picos mucho más estrechos, en comparación con ChIP-seq, y con suerte, al comparar todos estos sitios de unión, identificar el motivo conservado a lo que tu proteína se une.
