Hay muchas secuencias en NCBI. Si no está familiarizado con la forma de encontrar secuencias de nucleótidos allí, le puedo dar un par de pasos para comenzar:
1. Ir al Centro Nacional de Información Biotecnológica
2. En la barra de búsqueda, escribe “chitinase”
3. En la lista de resultados, encuentre el encabezado “Genomas”, y haga clic en el subtítulo “Nucleótido”
4. Aquí tienes más de 80,000 entradas GenBank, y puedes encontrar el organismo que quieres utilizar como base para tus primers. Haga clic en el árbol del organismo a la derecha si ve un organismo que está considerando.
5. Ahora para obtener tus imprimadores. Haga clic en una de las secuencias que se ve bien, puede ver en el registro de GenBank si hay una publicación asociada a ella. Busque esa publicación y vea si tienen los cebadores enumerados en la sección de materiales y métodos. Si quieres detectar la quitinasa de fuentes desconocidas, considera diseñar tus propios cebadores “degenerados” (mira eso si no estás familiarizado), que puede amplificar secuencias similares, incluso cuando no estés 100% seguro de la secuencia de la plantilla. Puede hacer esto comparando varias secuencias y regiones de alta similitud.
Además, si eso no ayuda, trabajé con el Dr. Craig Oberg en la Universidad Estatal Weber en Ogden, Utah hace unos años. Él estaba haciendo experimentos PCR similares para detectar genes de quitinasa, por lo que podría encontrar su correo electrónico en el sitio web de Weber y contactarlo para solicitar las secuencias de cebadores. ¡Buena suerte!
