¿La idea del polipéptido de un gen es aún respaldada por evidencia científica?

Definitivamente no.

Existen varios mecanismos postranscripcionales que permiten que los genes puedan producir múltiples polipéptidos que caen bajo el paraguas del “procesamiento de ARN”. Esto es en gran parte lo que hace posible el hecho de que el genoma humano contiene ~ 22,000 genes, pero produce entre 500,000 y 1,5 millones de proteínas diferentes. Un gen, AgDscam, en el mosquito Anopheles gambiae , teóricamente puede codificar 38,000 productos genéticos empalmados de forma diferente.

Aquí hay algunos mecanismos:

Edición de ARN

¿Qué es el empalme alternativo?
Página en nature.com

Marco de lectura ribosomal

No. El corte y empalme alternativo conduce a varias isoformas polipeptídicas de un gen.

En su mayoría, un ejemplo de una excepción sería la recombinación VDJ en células B y T.