La forma de las proteínas no es “desordenada”. Creo que te refieres a “¿Por qué es importante que las proteínas se formen de una manera que sea difícil de entender para mí?”
La respuesta a esa pregunta es que la estructura de la proteína ha evolucionado para realizar funciones metabólicas y su cerebro ha evolucionado para comprender las relaciones sociales y espaciales en una escala de pocos centímetros a algunos kilómetros en un período de unos pocos segundos a algunos años.
Cualquier cosa significativamente fuera de esa escala es difícil de entender porque requiere analogía y extrapolación. Esos podrían ser fenómenos biológicos, o podrían ser ideas abióticas como la Tectónica de placas.
No importa lo que sea. Si está fuera de la caja de la escala del cerebro humano, será muy difícil de interpretar. Ese es el punto del estudio científico: observar cuidadosamente los fenómenos y luego preguntar cuáles son las relaciones inherentes estructura-función, en lugar de tratar de imprimirles nuestras ideas preconcebidas sobre cómo deberían funcionar las cosas.
La realidad no está limitada por tu imaginación.