Si no puede usar una base de datos de estructuras proteicas determinadas experimentalmente (cuyas estructuras han sido dobladas por las leyes de la física que operan en sus átomos), entonces su única opción restante es simular las leyes de la física que operan en modelos de la proteína en cuestión en lo que se llama ab initio (desde los primeros principios, es decir, los principios de la física) predicción de la estructura (predicción de la estructura de la proteína – Wikipedia)
Este sería el dominio de la mecánica molecular (Mecánica molecular – Wikipedia) y la dinámica (Dinámica molecular – Wikipedia).
