dsDNA en particular está unido por proteínas como los factores de transcripción, los que en particular pueden establecer vínculos con el surco mayor del ADN y / o el surco menor del ADN (el surco menor en particular en la mayoría de los casos se necesita solo para la estabilización de una proteína cuyo enlace principal es el surco mayor, en otros casos el surco menor es fundamental para la interacción ADN-proteína. Por ejemplo, la caja TATA, que es una secuencia situada aguas arriba del sitio de inicio de la trascripción, es muy importante para los primeros pasos de la unión de la ARN polimerasa II al ADN. Uno de los factores de trascripción que guía a la ARN polimerasa II al gen es su TFIID, que entra en contacto con la caja TATA en el surco menor).
Las proteínas que entran en contacto con el ADNss pueden considerarse con seguridad las SSBP (proteínas de unión de cadena simple). Durante la replicación, el ADN está desenrollado, de modo que las cadenas de ADNss pueden servir como plantilla para la cadena que se acaba de sintetizar. El SSBP evita que las cadenas simples de ADN se reanuden (vuelvan a cerrarse) antes de que la replicación haya terminado. Además, otras proteínas como el Elycase y la ADN polimerasa en sí (unida al complejo Sliding Clamp) atraviesan el ADN como una sola cadena.
Curiosamente, una interacción todavía no caracterizada es la que existe entre una cadena de ADN de doble cadena y ARN, la llamada triple hélice. Por lo que yo sé, aún no está claro todo el proceso de la formación de la triple hélice, así como cuál puede ser su función, se han hecho algunas especulaciones sobre la posibilidad de ajustar la estructura de la cromatina y regular la expresión del gen en general. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc…
En cuanto al ARN, las proteínas interactúan con el ssRNA durante la transcripción, cuando el pre-mRNA se procesa en el propio mRNA. Así que todo el proceso de tapado, adición de cola de poli A y empalme están regulados por proteínas, así como proteínas que se encuentran dentro del nucleoporo y controlan la translocación del ARNm del núcleo al citoplasma.
Además, con respecto al proceso de interferencia de ARN, las proteínas como la de la familia Dicer y Argonauta (AGO) se utilizan en el procesamiento del ARN antisentido en el ARN maduro no codificante. El paso intermedio de este mecanismo implica también el procesamiento de un ARN “de doble cadena”, pri-miRNA y pre-miRNA . (Usé la cita cuando hablé sobre el dsRNA, porque probablemente sepa que la estructura de doble cadena es el resultado de las interacciones internas debidas a la estructura secundaria (como los bucles del tallo) dentro de la molécula de ARN.
Espero que esto ayude.
