La digestión con proteínas se produce en el estómago y el duodeno, en la que 3 enzimas principales, la pepsina secretada por el estómago y la tripsina y la quimotripsina secretadas por el páncreas, descomponen las proteínas alimentarias en polipéptidos que luego se descomponen en diversas exopeptidasas y dipeptidasas en aminoácidos.
La pepsina, una endopeptidasa con un pH óptimo de actividad en 1.6, hidroliza 10-20% de las proteínas en la comida.