Los anticuerpos son los reactivos moleculares tradicionales para el reconocimiento molecular de la ingeniería, pero tienen limitaciones importantes que han llevado a la búsqueda de andamios proteicos alternativos. Los andamios de proteínas son estructuras sobre las cuales se pueden diseñar numerosas funciones y propiedades distintas.
Para aplicaciones que son sistémicamente tóxicas, las proteínas más pequeñas ofrecen una mayor tasa de eliminación. Las proteínas más pequeñas también tienen una penetración de tejido más profunda, lo que podría ofrecer una mayor eficacia para productos terapéuticos dirigidos a tumores sólidos. Además, las proteínas más pequeñas pueden ser más estables y más fáciles de producir que los anticuerpos. Hay muchos ejemplos más específicos del uso de andamios proteicos alternativos en la literatura de ingeniería de proteínas.