¿El plegado de proteínas es jerárquico?

No estoy seguro de lo que quiere decir por jerárquico, pero …

La respuesta depende de si está hablando de replegamiento, como en un bioquímico que ha desarrollado un desorden de proteínas y lo está viendo replegarse, o se está refiriendo al plegamiento de una proteína, ya que se traduce del ribosoma …

Si se está refiriendo al plegamiento naciente de cadenas a medida que se traduce, la estructura secundaria se produce de forma natural e inmediata. La estructura terciaria ocurre con el tiempo. Un ejemplo: el plegamiento de la subunidad alfa del receptor de acetilcolina nicotínico se produce por cotraslación, pero la formación del enlace disulfuro, que genera el sitio de unión a la alfa-bungarotoxina, se produce con un tiempo medio de aproximadamente ca. 20 minutos (J. Biol. Chem. 262: 4367 – 4376 (1987)).

Luego, las cinco subunidades se ensamblan en el pentámero con un medio tiempo de aproximadamente 80 minutos.

Entonces, si te refieres a una estructura jerárquica secundaria, entonces 3ary luego 4ary se desarrollan en una secuencia ordenada secuencial, la respuesta es sí.

Realmente no. Que es una especie de problema detrás de la predicción de la estructura de proteínas. Los contribuyentes energéticos dominantes al plegamiento de proteínas son entrópicos, que se captan en el efecto hidrófobo, que se realizan completamente después de que se forman los contactos terciarios.

Como soy flojo, voy a copiar y pegar un párrafo de mi tesis.

La visión actual del plegamiento de ARN es que sigue un camino jerárquico. En las proteínas, los diversos elementos de la estructura secundaria se forman en el contexto del resto del entorno proteico. Por el contrario, el ARN primero se plegará en la estructura secundaria correspondiente y luego las varillas helicoidales rígidas interactuarán para plegarse en una estructura terciaria de orden superior. A diferencia del plegamiento de proteínas, las contribuciones energéticas a la formación de estructuras secundarias son generalmente más grandes que las contribuciones de las interacciones terciarias debido al proceso exotérmico de formación de pares de bases. El modelo de plegado jerárquico describe el plegamiento de ARN de forma modular y sugiere que la formación de la estructura secundaria puede examinarse independientemente de la formación de la estructura terciaria. Además de los argumentos termodinámicos, el modelo de plegamiento jerárquico también es corroborado por varios experimentos que han producido dominios separados de estructura secundaria y los han reconstituido para volver a ensamblar en una molécula de ARN biológicamente activa. Sin embargo, la formación temprana de la estructura secundaria presenta un dilema donde el ARN puede caer en varias trampas de estructura secundaria.

Fuentes
[1] DH Mathews, J. Sabina, M. Zuker y DH Turner, “La dependencia de la secuencia expandida de los parámetros termodinámicos mejora la predicción de la estructura secundaria de ARN.”, J. Mol. Biol. , vol. 288, no. 5, pp. 911-40, mayo de 1999.
[2] I. Tinoco y C. Bustamante, “Cómo se dobla el ARN”, J. Mol. Biol. , vol. 293, no. 2, pp. 271-81, octubre de 1999.