¿Cómo son los conjuntos de datos de proteómica?

Todo depende de qué tipo de experimento esté haciendo y qué tipo de datos quiere al final. Para la proteómica de LC-MS / MS de escopeta estándar, la salida de los instrumentos es un espectro que, afortunadamente, corresponde…
¿Cuáles son algunas ideas sobre cómo medir los cambios conformacionales y / o subatómicos en proteínas en tiempo real?

“¿Cuáles son algunas ideas sobre cómo medir la conformación y / o los cambios subatómicos en la proteína en tiempo real?” La forma en que formuló la pregunta me hace pensar que puede estar perdiendo información importante. Los…
¿Qué hay en las proteínas que el cuerpo humano necesita tanto?

Aminoácidos. Hacemos nuestras propias proteínas con ellos. Y las proteínas hacen de todo: desde catalizadores químicos hasta motores mecánicos, andamios y el “pegamento” que mantiene juntas nuestras células y tejidos. Además, algunos de los aminoácidos que necesitamos como…
¿Qué técnica es mejor para identificar una interacción proteína-proteína?

A lo largo de los años, se han desarrollado una gran cantidad de métodos para estudiar las interacciones proteína-proteína, que incluyen Y2H (híbrido de levadura 2), TAP (purificación de afinidad en tándem), Co-IP (Coinmunoprecipitación), ensayos de pull-down, etc.…
¿Cuál es el número mínimo de residuos de aminoácidos en un péptido que se requiere para formar un bolsillo hidrofóbico? ¿Existen buenos sistemas de modelos pequeños para estudiar la formación de tales ambientes hidrofóbicos dentro de la estructura biomolecular?

Depende de lo que quiere decir con “bolsillo”. Pocket implica un sitio de unión estable en la superficie de una proteína. Para los péptidos, que generalmente no tienen estructura terciaria estable, el término “agrupación hidrofóbica” se usa a…
Bioquímica: ¿Cómo afecta el envejecimiento la rigidez del ADN que se enrolla alrededor de las proteínas de las histonas?

No usaría necesariamente el término “rigidez”, pero se ha demostrado que la cromatina puede sufrir varios cambios importantes en la organización como consecuencia del envejecimiento. Esto puede ocurrir debido a la desregulación de los modificadores de la cromatina…
¿Por qué el plegamiento de proteínas es un problema importante? ¿Cuáles son sus aplicaciones?

He pasado una buena parte de mi tiempo pensando en esta pregunta. Debo admitir que ha habido días en los que he sentido que estamos exagerando el “problema de plegamiento de proteínas”. Sin embargo, a lo largo de…
¿Hay algún libro sobre la función de 20 aminoácidos en la proteína?

Los aminoácidos se agrupan en términos de sus químicas de cadena lateral. Algunos son ácidos, básicos o “neutros” en los rangos de pH estándar. Las diferentes combinaciones y secuencias le darán a una proteína diferentes propiedades. La función…
¿Cuáles son las fosfatasas más promiscuas?

Promiscuidad en enzimas se refiere a la amplia gama de sustratos que una enzima puede catalizar. Este rango no es tan amplio como uno podría pensar. Tampoco cruza los límites de la termodinámica y la química, es decir,…
¿Qué organismos tienen la mayor cantidad de proteínas cuyas estructuras se han caracterizado?

RCSB Protein Data Bank observa que los números están inflados, no todas las estructuras representan secuencias únicas 1. Humanos: alrededor de 7500 secuencias distintas RCSB Protein Data Bank 2. E. coli 3. Ganado 4. Ratones 5. Levadura 6.…