¿Qué software debo usar para simular las interacciones de proteína de membrana?

Depende del tipo de simulación que quieras hacer …

Si tiene un modelo matemático del proceso (ecuaciones diferenciales, funciones de transferencia, etc.) con condiciones de contorno (también se define matemáticamente), entonces puede usar software numérico como MATLAB o Mathematica. Pero ambos tienen un agujero en el bolsillo si se trata de un proyecto de bricolaje o hobby. Las alternativas de código abierto a estos son R o Python. R es un poderoso lenguaje de programación estadística, que está especializado para manejar grandes cantidades de datos y ejecutar simulaciones numéricas y estadísticas, y Python es un lenguaje de programación de propósito general que también se puede usar para hacer simulaciones numéricas.

Nota: Todos los paquetes de software anteriores mencionados anteriormente tienen una curva de aprendizaje y depende totalmente de la rapidez con que el usuario capte un software en particular o cuál en particular le gusta. Mis favoritos personales son MATLAB y R, que son geniales para hacer simulaciones numéricas y estadísticas.

Por otro lado, si desea construir un modelo de elementos finitos (modelo CAD / CAE) de la membrana, sería mejor que utilice ANSYS, Abaqus, NASTRAN o cualquier otro paquete de análisis de elementos finitos disponible. Lamentablemente, no conozco ningún paquete de código abierto que esté disponible. He usado ANSYS anteriormente y es un paquete de software fino que le permite crear un modelo de elementos finitos desde cero o importar un modelo 3D de un software de modelado 3D y realizar simulaciones.

Si solicita detalles técnicos de la simulación, lo lamento, realizo principalmente simulaciones numéricas, estadísticas y de elementos finitos como parte de mi trabajo.

Espero que esto ayude. 🙂