¿Qué tan bueno es el dicroísmo circular para analizar péptidos muy cortos (es decir, 4-6 residuos)?

Es muy difícil obtener una estructura secundaria regular con péptidos de esa longitud [1] El motivo estructural más pequeño es un giro, que es básicamente indistinguible en CD de una espiral aleatoria [2]. La RMN puede usarse para detectar estas estructuras si existen.

  1. ¿Cuál es la longitud mínima de una cadena de péptido primaria necesaria para que se pliegue y forme una estructura secundaria?
  2. La respuesta de Jeffrey Brender a la Biología Estructural: ¿Qué tan bueno es el dicroísmo circular para detectar una estructura secundaria inusual?

No soy un experto en CD pero lo he usado varias veces. Si al analizar un péptido muy corto te refieres a determinar su estructura secundaria, entonces no hay una razón fundamental por la que CD no pueda dar un resultado en un péptido corto excepto por el problema de que es inusual que un péptido de esta clase tenga una estructura secundaria estable. CD puede darle la proporción de helix: strand: coil pero no mucho más. Incluso en péptidos de más de 6 residuos y con una propensión a la formación de hélice, a menudo hay que empujarlos añadiendo un modificador de solución como trifluoroetanol. En una proteína más estructurada, creo que la precisión de la medición de hélice es bastante buena y la medición de la cadena beta no es tan buena.