Depende de lo que quieras medir. ¿Es concentración? ¿Es peso molecular? ¿Es hidrofobia?
Las proteínas son estructuras muy dinámicas y se pueden aplicar muchas medidas diferentes para cuantificar sus propiedades.
Sin embargo, si desea medir la concentración de proteínas en una muestra dada, la técnica estándar sería espectrofotometría, que se basa en el hecho de que los residuos de la proteína pueden absorber ciertas longitudes de onda y, por lo tanto, puede cuantificar la cantidad de luz absorbida, que es proporcional a la concentración. (Ley empírica de Beer-Lambert).
Si desea cuantificar el peso molecular de tales moléculas, una SDS-PAGE (electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecilsulfato de sodio) sería la técnica estándar, que consiste en dar a la proteína desnaturalizada una carga negativa proporcional al número de residuos y luego hacer la las proteínas pasan por un gel aplicando un campo eléctrico. Las proteínas más grandes irán más despacio porque tienen más problemas para pasar por el gel, las proteínas más pequeñas irán más rápido. Finalmente, los resultados se comparan con diferentes muestras de proteínas de peso conocido.
Hay muchas más técnicas que puedes encontrar en cualquier libro de texto sobre bioquímica experimental.
Espero que haya sido de ayuda.