La segunda parte de su pregunta “¿Cómo están unidos?”, ¿Es una pregunta sobre el proceso de unión de los aminoácidos o se trata de una repetición de la primera pregunta?
Si es una repetición, entonces Linda ya ha dado una respuesta. Si se relaciona con el proceso de enlace, entonces lo cubriré.
La formación del enlace peptídico es catalizada por una enzima llamada peptidil transferasa (ubicada en el ribosoma).
Fig. 1 Fuente: [4]
El grupo amino del aminoacil-tRNA ataca (mediante ataque nucleofílico) al grupo carboxilo “C-terminal” del peptidil-tRNA. Esto da como resultado la escisión del enlace éster de peptidil-ARNt de alta energía, proporcionando de ese modo la energía libre para conducir la reacción. Los productos resultantes de la reacción son tRNA desacilado en el sitio P y peptidil-tRNA en el sitio A.
Fuente: [4]
Fig. 2 Fuente: [5]
La ruta de reacción energéticamente más favorable procede a través de un estado de transición de seis miembros (Figura 3) en el que se produce el transporte de protones a través del 2′-OH del residuo A76 del peptidil-ARNt. Esta reacción se ve facilitada por el ordenamiento del agua en el sitio activo, y también está modulada por cambios conformacionales en el sitio activo que pueden ser inducidos por la protonación. Además, se cree que el ribosoma proporciona un entorno electrostático adecuado que estabiliza el estado de transición altamente polar, protegiendo la reacción del agua a granel y / o ayudando a la lanzadera de protones que forma el grupo saliente.
Fuente: [6]
Fig. 3 Fuente: [6]
El modelo molecular del sitio activo se proporciona para Haloarcula marismortui en ref [1] (Ver Fig. 4 )
Hay tres grupos en el vecindario del grupo reactivo -amino que podría concebiblemente formar enlaces de hidrógeno con él, y dos es probable que lo hagan: (1) el 2-OH de A76 en el péptido peptidil ARN del sitio P, (2) ) el N3 de A2486 (A2451 en Escherichia coli) de 23S rRNA, y (3) el 2-OH de A2486. Los enlaces de hidrógeno que estos grupos forman con el grupo -amino, ya sea individual o colectivamente, casi con seguridad ayudan a alinearlo.
Fuente: [1]
Fig. 4 Fuente: [1]
REFERENCIAS: –
[1] Después de las estructuras ribosómicas: ¿cómo funciona la peptidil transferasa? PETER B. MOORE y THOMAS A. STEITZ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…
[2] Código genético
[3] Revisión: Desarrollos recientes de maquinarias de traducción diseñadas para la incorporación de aminoácidos no canónicos en polipéptidos por Naohiro Terasaka, Yoshihiko Iwane, Anna-Skrollan Geiermann, Yuki Goto y Hiroaki Suga http://www.mdpi.com/1422 -0067 / 16 …
[4] UCDavis BioWiki 14: Traducción (síntesis de proteínas)
[5] http://biosiva.50webs.org/transl…
[6] http://mcmanuslab.ucsf.edu/node/260
