Si un anticuerpo se produce contra una proteína no fosforilada, ¿podría reconocer esa misma proteína pero fosforilarse?

Eso depende de dónde está la fosforilación. El anticuerpo reconoce específicamente el sitio de unión y si el sitio de unión está alterado, no será reconocido. Si la fosforilación está en otra parte y no afecta la conformación de la proteína, no hará la diferencia.