¿Por qué tenemos que separar la proteína por el método de la electroforesis?

No, hay varios otros métodos disponibles. La razón por la que muchos optan por la electroforesis, SDSPAGE, IEF o 2D, es que proporciona múltiples piezas de información (cantidad de tipos, tamaños, abundancia) usando un único método.

Para agregar a otras respuestas escritas para esta pregunta, hay muchas técnicas que pueden separar las proteínas, por ejemplo, la cromatografía y la precipitación. La electroforesis se utiliza porque puede ejecutar múltiples muestras en forma económica y rápida en paralelo. Puede separar un gran número de proteínas, determinar la abundancia, determinar el peso molecular e incluso llevar a cabo otras técnicas, como Western blot o la escisión en gel de las bandas, seguido de un análisis de espectrometría de masas. El poder de los geles es su capacidad para paralelizar múltiples muestras. Muchas otras técnicas bioquímicas requieren que se ejecute una muestra a la vez. El gel humilde es bastante poderoso si sabes cómo establecer hipótesis para probar con esta técnica.