La aplicación continua de fertilizantes cambia la naturaleza del suelo. Si bien la incorporación de residuos de plantas al suelo captura nutrientes y crea bacterias saludables necesarias para el crecimiento de las plantas, el efecto a largo plazo es una pérdida de materia orgánica y esta es una tendencia acelerada ya que los cultivos como el maíz se extraen para forraje y grano.
Otro problema es que los fertilizantes no son simplemente NPK como se muestra en la bolsa. Los nutrientes a menudo son parte de un compuesto y esto deja sales residuales en el suelo. La industria actúa como si las plantas simplemente fueran alimentadas con los químicos como se indica en la bolsa, pero las plantas no pueden usar los nutrientes hasta que las bacterias del suelo los hayan convertido en una forma útil.
Los fertilizantes crean una dependencia. Los minerales se colocan en las ocho pulgadas superiores del suelo, que se supone que es la zona de la raíz. El resultado es una pérdida de gusanos de tierra y suelo compacto a continuación. Las plantas sanas en el suelo con buena labranza desarrollarán sistemas de raíces extensas y capturarán lo que se necesita para crecer y producir. Los métodos Ag han suplantado esto con un sistema en el que se deben suministrar nutrientes para complementar el suelo no saludable.