En realidad, no hay desventajas de salud , aparte de la posibilidad de que le falte energía debido a la ingesta (generalmente) baja en carbohidratos.
Las desventajas son financieras y sociales, principalmente, como afirmas. En esencia, el punto es que no hay necesidad, desde el punto de vista científico, de limitarse a sí mismo en la forma en que lo hace la dieta paleo. Tienes más opciones de comida de las que te permite, y te puedo asegurar que no engordarás si comes una rebanada de pan blanco.
Como afirmó Matt Ward en su respuesta, rastrear un consumo balanceado de macronutrientes es todo lo que necesita para una buena salud.