Sí, pero por lo general no.
Primero, ¿qué mide la proteómica? La proteómica (es decir, la espectrometría de masas) mide la relación masa / carga de una proteína. Si bien hay tipos de espectrometría de masas que mantienen las proteínas en su estado nativo, un primer paso en la preparación de proteínas para el trabajo de proteómica a gran escala es desnaturalizarlos y cortarlos en fragmentos de péptidos.
En segundo lugar, ¿a qué nos referimos cuando hablamos de conformaciones de proteínas? Cuando una proteína existe en múltiples estados conformacionales, estamos hablando de dos cadenas peptídicas idénticas (la misma masa, los mismos elementos de retención de carga) que adoptan diferentes pliegues. Cuando estos estados conformacionales múltiples se desnaturalizan, se resuelven en una especie idéntica masa / carga.
En tercer lugar, ¿cómo puede ser sí? Existen técnicas que implican la reticulación de las proteínas primero, de modo que las partes de la cadena plegadas cerca de otras partes de la cadena se unen entre sí covalentemente; esto significa que incluso después de que la proteína se desnaturalice y digiera en fragmentos, esas piezas se mantendrán juntas. Si ha tenido éxito al seleccionar un crosslinker que enlazará partes que son diferentes entre los diferentes estados conformacionales, puede detectar diferencias de masa / carga de especies para diferentes conformaciones. Si seleccionó un crosslinker que no afecte a esa parte de la proteína, no detectaría ninguna diferencia. Además, hay métodos para buscar proteínas en su estado nativo. Esto típicamente no se hace en proteómica, sino con muestras únicas y puras. Las conformaciones múltiples pueden dar como resultado ligeros cambios en el patrón debido a pequeños cambios en la carga, y es posible detectarlos entre sí. También puede significar simplemente un ensanchamiento del pico que no se puede distinguir fácilmente. Las proteínas enteras tienden a estar muy cargadas, y son muy grandes, por lo que pasar de una masa de 30000 a una carga de 200 frente a una masa de 30000 a una carga de 201 no separa los picos muy bien.
Dicho todo esto, hay continuas mejoras en la tecnología de espectrometría de masas, y es probable que eventualmente podamos detectar las conformaciones de proteínas tan fácilmente como ahora podemos detectar modificaciones postraduccionales.
