¿Por qué el sitio activo de una enzima es más pequeño? ¿Qué necesidad hay de una parte no activa más grande de una enzima?

Esperemos que otra respuesta útil: una proteína está hecha de una cadena de cientos de aminoácidos. El sitio activo de la enzima se compone de unos pocos aminoácidos de cientos, pero a menudo esos aminoácidos están muy separados en la cadena. Como dijo el Sr. Stoertz, los otros aminoácidos responden al nanoambiente en la célula y se pliegan de una manera muy específica y estable, de modo que los aminoácidos implicados en la reacción en el sitio activo se unen, aunque en la cadena, están muy separados. El plegamiento de la cadena que los une todos juntos y los mantiene establemente en el sitio activo depende de los otros aminoácidos.

Además, como señaló el Sr. Stoertz, además de participar en la creación de una estructura estable y específica para crear el sitio activo, los otros aminoácidos a menudo no están ‘simplemente ahí sentados’, sino que también son componentes esenciales de la proteína, involucrados en el mantenimiento la proteína en el lugar correcto para su trabajo y para proporcionar controles para inhibir o estimular (regular) las acciones de la enzima.

Las enzimas son instrumentos de alta precisión. Cuando los químicos con su oficio realizan síntesis orgánica, invariablemente hay otros subproductos que deben separarse; pero las enzimas producen exactamente las especies para las que están diseñadas (o evolucionadas). La enzima opera en un contexto biológico. A menudo está anclado a un cierto punto en la membrana celular u otro orgánulo, se desempeña en un cierto ambiente celular preciso de acidez, temperatura y gradiente osmótico. Debe reunir dos especies diferentes y altamente específicas de moléculas, y luego realizar una determinada operación. No solo eso, sino que la enzima tiene sitios de control que están mediados por hormonas u otros mensajeros dentro de la célula. Una enzima es generalmente una sola cadena de péptidos de aproximadamente 150 a 300 aminoácidos, y como tal sería disquete, si no fuera por protocolos de plegado específicos. El gran tamaño de la molécula es necesario para asegurar la resistencia estructural y la especificidad. El sitio del receptor activo real solo puede involucrar media docena de aminoácidos, y solo algunos de los aminoácidos operan directamente sobre el sustrato. Las enzimas son empleadas universalmente por todos los organismos vivos en casi todas sus reacciones químicas. Muchos procesos de reacción implican muchos pasos, cada uno mediado por diferentes enzimas, por ejemplo, el ciclo del ácido cítrico tiene al menos 13 pasos. En conjunto, existe un laberinto de enzimas involucradas en la derivación de productos metabólicos a través de diferentes vías, y todo está regulado por las exigencias internas y externas de la célula.

En realidad, el sitio activo de la enzima es el único sitio que responderá durante una reacción química porque este es el sitio donde el sustrato se unirá específicamente, por lo que es la forma natural de hacerlo poner de lado otras moléculas no específicas y hacer lo correcto

Este sitio depende del tamaño del sustrato porque eventualmente se unirá allí, por lo que debe ser preciso o específico para garantizar que solo un sustrato a la vez se va a unir allí y el sustrato como otras moléculas se excluiría automáticamente.