Miller simuló una atmósfera altamente reducida (metano, amoníaco, etc.) en su aparato (que incluía la descarga eléctrica como fuente de energía) y los científicos determinaron posteriormente que la atmósfera prebiótica probablemente no estaba muy reducida.
Además, aunque más técnico y menos al grano, su experimento de 1952 no produjo todos los 20 aminoácidos comunes utilizados en la síntesis de proteínas, y los aminoácidos quirales que el experimento formó fueron racémicos (50% zurdos y 50% diestros) – como regla general, solo los aminoácidos zurdos se incorporan a los polipéptidos durante la traducción).
Desde entonces se ha descubierto que otras condiciones también pueden producir aminoácidos (incluso si trasladamos la producción abiótica a ambientes hidrotermales), y la homoquiralidad no es un problema tan grande como se creía.